近年來，我國生物肥料專利增加較快，個別生物肥料企業(yè)已經(jīng)或即將進入其他國家市場。
據(jù)統(tǒng)計，截至2011年8月，獲得農(nóng)業(yè)部正式登記的微生物肥料品種有621種，臨時登記的品種有648種。現(xiàn)有生物肥料企業(yè)500余家，年產(chǎn)量450萬噸、應(yīng)用面積666.7萬公頃、產(chǎn)值80億元，在生產(chǎn)中發(fā)揮了較大作用。
但是由于我國人口基數(shù)大，當前農(nóng)業(yè)追求單位面積產(chǎn)量，過度使用化肥，化肥利用率呈逐年下降趨勢。其中我國氮肥平均施用量將近是美國的3倍，化肥的過度施用造成了土壤結(jié)構(gòu)破壞、自然界生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)穩(wěn)定性降低、江河湖泊的富營養(yǎng)化、農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量下降等一系列較為嚴重的問題。
同時，我國生物肥料的研究開發(fā)模式仍較為傳統(tǒng)，以大學、科研單位作為創(chuàng)新主體完成的技術(shù)與產(chǎn)品研發(fā)無法快速、有效地轉(zhuǎn)化為企業(yè)的產(chǎn)品；我國現(xiàn)有的生物肥料生產(chǎn)企業(yè)多數(shù)規(guī)模較小，設(shè)備工藝不足，還沒有成為生物肥料的創(chuàng)新主體。
國家雖然在生物肥料方面實行登記管理制度，但管理力度和有關(guān)政策有待完善；生物肥料的宣傳、生產(chǎn)和銷售還沒有很好地結(jié)合在一起，農(nóng)業(yè)經(jīng)營者在生物肥料上的認識還不夠，其銷售比例在全國肥料中比重偏低。
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